Škoda Muzeum v Mladé Boleslavi představuje mimo jiné řadu unikátních exponátů. Koncentrují se zejména v depozitáři ukrývajícím sbírku prototypů a sportovních vozů.
Expozice depozitáře je tematicky rozdělena na dvě části: prohlídka začíná předobrazy sériových automobilů Škoda i nikdy nerealizovanými studiemi a prototypy. Poté se návštěvníci přenesou na závody a soutěže, jejichž vzrušenou atmosféru přiblíží vývojová řada rychlých vozů s okřídleným šípem v logu. Je čas vyrazit na prohlídku. Nejzajímavější exponáty představuje Michal Velebný, koordinátor restaurátorské dílny.
Většině návštěvníků depozitáře padne do oka asi jako první černé kupé Škoda 110 Super Sport „Ferat“ (1971/1981), prototyp sportovního vozu, který deset let po svém debutu prošel přestavbou na filmového Upíra z Feratu, hlavní rekvizitu stejnojmenného českého filmového hororu.
Bleděmodrý sedan střední třídy Škoda 720 ID s karoserií tehdy začínajícího legendárního studia Ital Design Giorgetta Giugiara pak vypráví příběh zmařených nadějí na moderní automobil světového formátu, s klasickou koncepcí pohonu. Počátkem 70. let tento nadějný rozlet zastavila československá politická normalizace.

Dvojice hvězd autosalonů, konkrétně z Frankfurtu nad Mohanem (2003) a Ženevy (2005), testovala reakce potenciálních zákazníků na tehdy připravované modely značky Škoda určené pro nové segmenty trhu: šlo o MPV Škoda Roomster a první SUV značky, populární Škoda Yeti.
Žlutá studie Škoda Joyster, třídveřový hatchback z Paříže 2006, zůstala jen krásným snem, zato podobně aplaudovaný soused v depozitáři, koncept Škoda Vision C, dostal zelenou – mladoboleslavští designéři si na něm ověřili pozitivní přijetí krystalického designu, který zanedlouho začal zdobit třetí generaci modelu Superb.

Ale to už Michal Velebný upozorňuje na aktuálně nejstarší okruhový vůz ve sbírce, doutníkovitý bolid Škoda Supersport (1950), postavený na bázi „Tudoru“ Škoda 1101/1102. Jeho robustní mechanický základ kontrastuje se sousední dvojicí formulí 3 z let 1965 a 1966, které spojuje upravená technika sedanu Škoda 1000 MB. Ano, populárního „embéčka“, podobně jako soudobé formule s motorem umístěným vzadu.
Filigránským formulím sekunduje rustikální žlutá Škoda Buggy. Automobilka s ní ovládla první tuzemský šampionát, pořádaný v roce 1971, a to v kategoriích do 1 000 cm³ i 1 150 cm³. Buggy vznikla na bázi sériové řady Škoda 100/110 L. Vystavena je silnější verze s motorem Škoda 110 L Rallye. Upravená podvozková plošina nesla minimalistickou karoserii s trubkovými ochrannými oblouky. Kvůli omezeným kapacitám svého sportovního oddělení se však značka Škoda s autokrosem během sezony 1972 rozloučila.

V jediném exempláři vznikla Škoda Spider I, prototyp postavený v roce 1972 pro závody na okruzích a do vrchu. Hned v první sezoně s ním Jaroslav Bobek získal mistrovský titul ve skupině B5. Čtyřválec 1 771 cm³ řady 720 poskytoval výkon 113,3 kW/154 koní, který i díky aerodynamické karoserii stačil k dosažení rychlosti 220 km/h. Zůstalo u jediného exempláře. Daleko většího rozšíření se dočkaly sedany Škoda 120 S, hojně používané nejen továrním týmem, ale také soukromými jezdci z tuzemska i ciziny.
Vývojovou řadu s motorem vzadu završuje verze Škoda 130 LR v úpravě pro skupinu B v automobilových soutěžích, nasazovaná na tratě v období 1985–1988. Dosáhla řady úspěchů, třeba na Rallye Acropolis, RAC Rallye, Rallye 1 000 jezer aj. Soutěžní verze čtyřválce 1 295 cm³ se dvěma karburátory Weber měla výkon až 100 kW/136 koní, karoserii se podařilo odlehčit mj. hliníkovými kapotami a dveřmi či plastovými okny.
Od roku 1989 už tovární tým disponoval modelem Škoda Favorit, moderní konstrukcí s motorem napříč u poháněných předních kol. Poté převzala štafetu Škoda Felicia Kit Car 1 500 (1995–1997). Pro automobilové soutěže měla standardní blok motoru 1,3 litru, ale speciální klikový hřídel pro zdvih pístů 78 mm místo 72 mm. Výkon postupně rostl ze 110 kW/150 koní na 122 kW/166 koní v roce 1996. V MS 1996 v automobilových soutěžích kategorie F2 obsadila značka Škoda třetí místo.
Po intermezzu s vozy Octavia Kit Car vstoupila Škoda do nejvyšší kategorie, série WRC. Škoda Octavia WRC (2001), exponát Škoda Muzea, je originálním soutěžním vozem posádky Schwarz–Hiemer z keňské Safari Rallye 2001. Třetí místo tehdy znamenalo nejlepší umístění týmu Škoda Motorsport v podniku seriálu MS. Vůz zaujme větší světlou výškou respektující terénní podmínky, předním ochranným rámem či sáním vyvedeným kvůli zvýšené prašnosti na střechu. Přeplňovaný čtyřválec DOHC 1 999 cm³ disponuje výkonem 220,8 kW/300 koní.
A prohlídku depozitáře končíme připomínkou nástupce jménem Škoda Fabia WRC (2003). Tento hatchback poháněl přeplňovaný čtyřválec 1 999 cm³ a 220,8 kW/300 koní, hmotnost činila 1 230 kg, ručička rychloměru se zastavila až na 250 km/h. Exponát Škoda Muzea řídili v podnicích MS sezon 2003 a 2004 jezdci Auriol, Schwarz a Gardemeister. Poté byl přestavěn do specifikace Evo 2 a využíván týmem Škoda Motorsport k testování.
