Představení druhé generace úspěšného vozu Škoda Fabia v roce 2007 bylo impulzem k přehodnocení předchozího rozhodnutí vzdát se účasti ve světových soutěžích. Obnovený tovární tým Škoda Motorsport dostal v podobě vozu Škoda Fabia S2000 do rukou špičkový stroj, který byl připraven vítězit po celém světě.
Po odstoupení továrního týmu Škoda Motorsport ze světového šampionátu nejvyšší kategorie WRC bylo zřejmé, že případné budoucí uplatnění budou soutěžní modely Škoda hledat v kategoriích, jejichž pravidla požadují mnohem větší nutnou míru příbuznosti sportovního speciálu s jeho sériovým základem. Z pohledu dlouhodobé filozofie i tradice značky šlo o velmi smysluplné řešení, které fanouškům vozů Škoda na celém světě přineslo v poslední dekádě spoustu radosti z nepřeberného množství vyhraných soutěží a titulů.
Mezinárodní automobilová federace FIA uvedla novou třídu Super 2000 Rally (S2000) s jasnými pravidly: stálý pohon všech kol, atmosférický dvoulitrový motor a minimum elektroniky. To byla oproti vysoce sofistikovanému, ale současně poněkud komplikovanému předchozímu modelu Škoda Fabia WRC s přeplňovaným motorem velká změna. Vůz Škoda Fabia S2000 se ale nemusel za nic stydět, když při nižší hmotnosti dosahoval výkonu 280 koní, tedy jen o dvacet koní méně než předchozí model.
Základní myšlenkou kategorie S2000 bylo ustavit třídu pro zákaznicky orientované soutěžní automobily, umožnit jejich vývoj více automobilovým výrobcům a podstatně zlevnit provoz. Nová třída tak mimo jiné lákala nižšími finančními náklady při zlepšení pokrytí soutěží nového šampionátu Intercontinental Rally Challenge (IRC) v médiích na klíčových trzích díky televiznímu vysílání všech podniků mistrovství. Tým Škoda Motorsport vstupoval do projektu IRC se dvěma hlavními vizemi – sportovní, kde byla jasnou prioritou účast na vybraných soutěžích IRC, a zákaznickou, kde byl cílem prodej produkčních soutěžních vozů Fabia S2000 privátním zákazníkům.
Svůj nový speciál představil tovární tým Škoda Motorsport na tradiční Rallye Monte Carlo 2009, kde překvapil celý závodní svět a vysloužil si slova uznání. Další soutěže seriálu IRC přinesly výjimečné momenty pro tým a zejména vítězství posádky Hänninen – Markkula na červencové Ruské rally a dvě vítězství posádky Kopecký – Starý na Barum rallye a Rallye Costa Brava se zapsaly do dějin rallyového sportu pod značkou s okřídleným šípem ve znaku.
V první sezoně získali Kopecký se Starým výborné druhé místo šampionátu IRC a stejnou pozici vybojovala Škoda mezi výrobci, a to navzdory tomu, že se programově neúčastnila celého seriálu. To byl ale teprve začátek nesmírně úspěšné éry soutěžních vozů Škoda Fabia, která trvá do dnešních dnů.
Další úspěchy následovaly v rychlém sledu. Už v roce 2010 Škoda celý šampionát IRC vyhrála a její jezdec Juho Hänninen zvítězil mezi jezdci. Jan Kopecký navíc následoval na druhé příčce. Škoda potom v tuhé konkurenci mezi značkami vyhrála i v následujících dvou letech, místo Hänninena se však z výhry mezi jezdci radoval Andreas Mikkelsen. Posádka Juho Hänninen/Mikko Markkula v sezóně 2011 poprvé v historii získala pro značku Škoda titul mistrů světa kategorie SWRC.
Od roku 2013 se vůz zúčastňoval také evropského rallyového šampionátu, kde dominoval po tři následující sezóny. Třešinkou na dortu a zároveň tečkou za nesmírně úspěšnou tovární kariérou vozu Škoda Fabia S2000 bylo v roce 2014 vítězství posádky Kopecký – Dresler v Asijsko-pacifickém mistrovství. Další výhry Fabia S2000 přidala v národních soutěžích. Celkově v letech 2009 až 2014 dosáhli jezdci s tímto speciálem na celém světě celkem 50 národních a mezinárodních titulů.
Automobilu Škoda Fabia S2000 se podařilo to, v co mohli jeho autoři i vedení automobilky a týmu Škoda Motorsport po obnovení činnosti jen tiše doufat, totiž návrat mladoboleslavské značky na výsluní světových soutěží. V nich vozy Škoda Fabia už více než deset let jen velmi těžko hledají konkurenci. U začátků této renesance a později vůbec nejúspěšnější éry v historii továrního týmu Škoda Motorsport stál právě model Škoda Fabia S2000.